油菜籽含油量较高，约在35％～40％之间，一般认为不耐贮藏。而且吸湿性强，成熟期温度高、雨水多，收获后保管不好很容易吸潮生芽，丧失食用价值，且新收获的菜籽稳定性差，因此应加强管理，科学贮藏。油菜籽贮藏主要注意以下几个方面：
一、干燥除杂、控制水份。油菜籽采收后应及时晾晒，降低水份，贮藏入库油菜籽的含水量应<9%，长期贮存的含水量应<8%。晾晒后清理除杂，减少杂尘，增加透气性，冷却后方可入仓。
二、合理堆存。贮藏油菜籽的仓房必须具备通风、密闭、隔湿、防热等条件，干燥除杂后的油菜籽应根据加工要求和菜籽本身的情况合理堆放，堆高不超过1.5米，并及时通风透气，防止菜籽发热。
三、密闭缺氧药剂贮存。需长期贮存的油菜籽，低温密闭贮藏的同时，进行缺氧和化学药剂处理，可控制生芽、生虫、发热和霉变。但禁止使用高毒、高残留农药熏蒸消毒。
