超级稻营养生长期较长，施肥要考虑植株各生育期对NPK的需求，采取分期施用办法，每亩施纯N 26-30斤、P2O5 12-14斤、K2O 26-30斤，氮：磷：钾=1：0.5：1。施肥掌握“攻头、稳中、保尾” 的原则。施肥量按目标产量确定：超级稻高产示范按目标产量每亩1300斤计算，一般需施N：23-26斤，P2O5：11-12斤，K20：23-26斤。基肥：一般亩施20担有机肥，并施碳铵60斤，过磷酸钙70斤，氯化钾9斤；栽后6-7天分蘖肥亩碳铵52斤+过磷酸钙17斤+氯化钾10斤，或水稻专用肥70斤；幼穗分化二期施穗肥，亩用尿素6斤，氯化钾14-17斤；由于超级稻一般有两段灌浆现象，后期一定要强调粒肥和根外追肥，延缓衰老，达到养根保叶作用，穗肥施后7天结合气候和水稻长相施粒肥，如水稻长相较健壮，叶片挺直，长短适宜，阳光充足，可适当多施，如水稻生长较旺，叶片过长，阴雨天气，可少施或不施，一般亩施6-9斤进口复合肥。
水稻根外追肥是将含有营养成份的溶液洒在根系以外的作物表面的一种追肥方法，一般选在中后期，即在幼稚分化至抽稚期，采取根外追肥促使抽稚整齐、缩短抽税历期，提高结实率和防止后期早衰，从而提高产量和稻米品质。特别是超级稻大力推广根外喷施可大幅提高单产，是一种投入少、见效快，增产显着的投入产出比极高的新技术，方法是掌握在破口、齐穗期用0.5斤磷酸二氢钾、“粒粒饱”兑水120斤，各喷一次根外追施，确保超级稻需肥要求。
