恶苗病主要出现在秧苗期和分蘖后期，由于此病的最主要初侵染源是带菌种，建立无病留种田和进行种子处理是防治此病的关键。
1、建立无病留种田在发病普遍的地区可改换种植无病品种，并选用健壮种谷，剔除秕谷和受伤的种子。
2、改进栽培管理技术播种前催芽不能太长，以免下种时易创伤而有利于病原菌的侵入。拨秧苗时应尽量避免秧根损伤太重，并尽量避免在高温和中午插秧，以减轻发病。
3、及时拨除病株在秧田或本田中发现病株，应结合田间管理及时拔除，并集中晒干烧毁也可放入鱼塘中喂鱼。
4、处理病稻草收获后的病稻草应尽量用做燃料或沤制肥料。不要用病稻草作为种子消毒或捆秧把。5、种子处理用35%恶苗灵400倍液浸种48小时，捞出用清水洗净后，催芽、播种。
