由于水稻黑条矮缩病、南方水稻黑条矮缩病是一种系统性病害，发病因素较多，单单从一个角度着手防治，收效可能不理想。防治该病害应从以下几个方面着手：
一、消灭传染源
1、田边地头杂草是以上两种病毒的中间寄主，应予以重点防除。可采用耕得乐30%草甘膦水剂100-150ml或（200克/升百草枯水剂）50-80ml兑水15kg定向喷雾打田边及田埂杂草。
2、秧田期首次迁入的稻飞虱同样是该病害的初侵染源，应在水稻催芽后，采用（35%丁硫克百威种子干粉处理剂）10g拌3-4斤种子（以干种子计），以防秧苗期稻飞虱迁入为害。
二、切断传播途径
该病害主要通过灰飞虱、白背飞虱传毒为害，在腾冲主要是白背飞虱传毒为害。不经害虫的卵和作物种子传毒，传毒途径较为单一，稻飞虱是重点传毒对象，加强稻飞虱的防治是防治水稻南方黑条矮缩病主要措施。在水稻易感病的各个时期采用25%吡蚜酮可湿性粉剂20-40g或50%烯啶虫胺可溶性粒剂20-30g兑水15kg均匀喷雾。
三、保护易感作物
1、除采取上述措施之外，采用药剂保护水稻植株不受感染同样是重要的一环。
2、水稻植株在分蘖盛期之前较易感病，应在播种至分蘖盛期期间着重施药保护。
3、播种期：水稻催芽后，可采用30%毒氟磷可湿性粉剂15g拌3-4斤种子（以干种子计），可减少水稻在秧苗期病毒的侵染。
4、移栽、抛秧前送嫁，移栽后10-15天两个时期：各期采用30%毒氟磷可湿性粉剂15g兑水15kg均匀喷雾。
水稻封行：可视田间发病情况，按照以上方法巩固施药一次。
四、应急补救
本田期持续监测白背飞虱和褐飞虱虫情，田间植株发病率，一旦达到防治指标，马上进行统防统治，选用速效性的杀虫剂防治白背飞虱和褐飞虱，控制病毒传播，若田间已有感病植株出现，及时施以30%毒氟磷进行治疗，有较好的防治效果。
