香港海洋公园保育基金自2005年扩展以来已拨款资助逾330项研究，研究物种包括鲸豚、大熊猫以及其它物种，资助总额逾港币4,100万。保育基金亦透过「野外生态保育大学生赞助计划」，启迪大学生参与野外研究工作。2008年四川大地震后，保育基金成立了「大熊猫基地震后重建基金」，向受损保护区捐赠物资，并资助保育研究及生境修复工作，协助受影响地区尽快恢复运作。保育基金作为独立的慈善信托基金，极需要您的支持以继续为受损大熊猫保护区送暖。
在2010/2011年度，保育基金举行了策略性会议讨论未来5年的发展方向，当中确定了保育基金的新愿景及宗旨：
愿景：
我们展望各界无私合作，携手保护亚洲野生生态长久繁盛丰饶。
宗旨：
我们承诺透过协作筹款与科研教育，致力提倡促进及参与亚洲区内务实有效的野生生态保育工作，并重点保育中华白海豚与大熊猫以及其栖息地。
良好的企业管治：
保育基金相信，良好的企业管治将有助受托人委员会和管理层达致符合保育基金和公众人士利益的目标，缔造更佳的企业表现和信誉,并是维持长远持续增长不可或缺的要素。虽然我们明白到企业管治或会受众多因素所影响，但保育基金相信问责制、透明度和诚信的核心原则是良好管治的支柱，因此采纳此等原则作为保育基金管治框架的核心价值。
大事记：
■2012年
推行首个国内大熊猫科普教育项目「熊猫行动」。
成立基金之友好友会。
继续支持渔护署，进行野猴绝育计划及跟进搁浅鲸豚个案。
连续第二年与香港城市大学及海洋公园学院推行「马蹄蟹校园保母计划」，两年间将600只人工繁殖的马蹄蟹放归野外泥滩，补充野外种群数量。
拨款资助45项新的研究，包括孟加拉国虎、斑海豹、短毛水獭及勺咀鹬。
■2011年
拨款资助41项新的研究，包括蓝鲸、川金丝猴、红毛猩猩及成立亚洲中华白海豚基因数据库。
「卧龙自然保护区–可持续发展」考察团及卧龙重建计划进度新闻发布会。
举办第7届「野外生态保育大学生赞助计划」，并首度与香港演艺学院合作，以镜头的力量推动保育工作。
于海洋公园内推行「环保海鲜签名运动」，并收集近20,000个游客签名，承诺于至少三个月内不进食鱼翅、苏眉及蓝鳍吞拿。
■2010年
向甘肃及陕西省的多个大熊猫保护区拨款，资助购买办公室设备及野外装备。
资助卧龙保护区三江区域的竹林修复计划。
拨款资助30项新的研究，包括极度濒危的海南长臂猿、暹罗鳄以及针对濒危的长江江豚的搁浅通报网络。
■2009年
拨款资助23项新的研究，重点为多个亚洲区内的中华白海豚的研究，亦有支持极度濒危的印度恒河鳄、中国的大鲵(娃娃鱼)以及安吉小鲵，以及濒危的菲律宾黑鹊鸲。
支持渔农自然护理署，于香港的郊野公园进行弥猴绝育手术。
■2008年
拨款资助40项新的研究，包括极度濒危的黑嘴端凤头燕鸥、莽山洛铁头蛇及菲律宾鳄，以及印度尼西亚的科莫多龙。
举办第十三届海洋公园保育周末，活动包括为野生动物打气的拉拉队比赛，以及北京奥运200日倒数的庆祝。
与翠明游学合办两团至四川卧龙的生态游。
于四川5.12大地震后成立「大熊猫基地震后重建基金」。
向四川省的多个大熊猫保护区捐赠应急物资、办公室设备以及野外装备。
■2007年
拨款资助29项新的研究，新的物种包括扬子鳄、印支虎、苏门答腊象、穿山甲以及菲律宾的食猿鵰等。
举办第三届「野外生态大学生赞助计划」，并首度与本港四所大学合作。
■2006年
拨款资助20项新的研究，主要环绕海洋哺乳类动物，亦有新增的项目包括马蹄蟹及羚牛，以及斯里兰卡海啸后的重建工作。
与渔农自然护理署合作，跟进香港水域的鲸豚搁浅个案。
举办首届慈善晚宴，为野生动物保育工作筹款。
■2005年
首次推行「海洋保育大学生赞助计划」。
「海洋公园鲸豚保护基金」与「香港熊猫保育协会」合并，成为「香港海洋公园保育基金」，并将保育的物种由鲸豚及大熊猫扩展至亚洲区的其它野生动物。
举行策略性会议，订定保育基金之发展路向。
■2004年
首次举行慈善奖券筹款活动，为大熊猫保育工作筹款。
■2003年
于中国成立海洋哺乳类动物搁浅网络。
承诺资助港币100万元修建四川卧龙大熊猫保育医院。
■2001年
于香港举办第一届中华白海豚国际工作坊。
承诺向四川马边大风顶国家级自然保护区提供长期援助。
■1999年
举办第一届「携手保育鲸豚」奖励计划。
「香港熊猫保育协会」由海洋公园成立，并注册为慈善信托基金，旨在保护大熊猫。
■1998年
■1997年
支持淡水海豚研究，包括中国的白鱀豚以及恒河豚及印河豚。
■1995年
正式注册为慈善信托基金。
开始进行一连串的香港水域中华白海豚及江豚的研究。
举辨第一届的海洋公园保育日。
■1993年
「海洋公园鲸豚保护基金」由海洋公园成立，旨在保护亚洲区的鲸豚。
订立首个五年计划，旨在保护淡水海豚，特别是生活在中国长江的白鱀豚。