(一)交通基础设施建设滞后
尽管我国的公路、铁路、内河航运和远洋运输航线建设速度和营运里程逐年增长，取得了举世瞩目的成绩。但由于交通基础设施建设长期欠账，积重难返，目前全国布局合理、功能完善、方便快捷的道路交通运输网络尚未形成，专门用于食品运输的公路、铁路、航空及水上常年性运输通道更是无从谈起。尤其是内地的一些地区交通运输基础设施陈旧落后，建设规划不到位，资金投入不落实，交通设施建设欠账较多。还有不少地方的交通运输布局长期不合理，建设速度远远跟不上发展的需要，致使食品供应链物流阻塞时有发生，甚至使食品供应链频繁出现断链现象。
(二)港口冷藏设备和冷藏仓储设施严重不足
作为特殊商品的食品对防腐、保鲜、安全等有着较高的要求，因此，食品供应链从某种意义上说就是冷冻冷藏链、保鲜链和食物安全链。但由于我国目前的港口冷藏设备和冷藏仓储基础设施严重不足且发展滞后，无法形成真正意义上的冷冻冷藏食品供应链。现实中所谓的食品供应链，充其量不过是一般商品供应链的简单延伸而已，根本无法适应食品安全呼声日高及食品贸易国际化的要求。一位国际食品冷藏物流供应链发展商曾不无感慨地坦承，由于在中国港口难以找到合适的冷库和其它专用食品仓储设备，他的公司在过去的20多年里不得不把冷冻食品中的85%运送到香港或一些东南亚港口，然后再把冷冻食品分期分批转运出口到中国大陆，只有15%的冷藏食品直接运到港口冷藏设备和冷藏仓储基础设施条件相对较好的上海，大连等港口。由此可见，目前我国的食品冷冻冷藏供应链还存在很多问题和不足，亟待迅速提升和不断完善。
(三)食品冷藏运输专用车辆投运率极其低下
从目前我国易腐保鲜食品的装卸搬运上看，无论是装船卸船，还是装车卸车，大多都是在露天作业，而不是按照ISO9001：2000质量标准或安全食品供应链标准ISO22000：2005等国际食品质量安全标准的要求，在冷库和保温场所操作，也无法达到HACCP的食品安全危害控制要求。此外，在我国现有的公路食品运输总量中，易腐保鲜食品的冷藏运输率大约只有20%左右，其余80%左右的果蔬、禽蛋、肉食、水产品大多是用普通箱式货车运输，甚至直接用普通卡车运输。由于我国食品运输采用公路冷藏运输的比例较低，因此食品损耗高、效率低问题一直没得到很好的解决，整个物流费用占食品零售价格的70% 多，远远高于“食品物流成本最高不能超过食品总成本的50%”的国际标准，极大地削弱了我国食品在国际市场上的竞争力。
(四)食品供应链的现代化信息技术平台尚未形成
尽管我国食品行业近年来在制造过程机械化、仓储管理自动化以及产品品牌推广、物流配送和食品安全控制等方面已取得了不俗的成绩，但时至今日，现代物流信息技术和设施在食品供应链物流中的应用仍很不充分，信息化水平较低，尤其是能反映物流现代化水平的物流信息技术和装备设施，如BC、FM、RFID、 GPS、GIS、EDI、CRM、VMI、QR、ECR、JMI、CPFR、SCOR技术，以及农产品食品保鲜技术、低温制冷技术、冷链设计技术、智能化仓储和配送技术与装备等在食品物流供应链中的应用普及程度比较低，从而严重影响了我国食品供应链的总体运作水平和运作效率，延缓了我国食品供应链与国际接轨的程度和速度。由于食品供应链的信息化水平低，致使食品供应链上的信息阻塞，不够透明和畅通，供应链各环节时常脱钩，从而造成食品在运输途中发生无谓耽搁，大大增加了食品的安全风险。国外的实践业已证明，食品供应链的高效运作离不开供应链上各成员单位的精诚合作，因此食品流通领域的核心竞争早已从产品、资金、网点布局、品牌宣传的竞争，发展到自动化技术、科学物流配送、人性化服务的供应链竞争，即以现代化、信息化为手段的提高周转率、加快市场响应速度、降低安全风险和严格成本控制的信息化大战。但遗憾的是，目前国内在针对食品流通行业特点，如品种繁多，单据格式复杂并日趋规范，客户结算烦琐，保质期管理严格，多单位结算、多币种换算，操作要求简单快速等特点，引进或开发科学实用的食品供应链信息管理软件，以便为食品供应链管理和信息化诊断分析提供解决方案方面还非常薄弱，无法为决策者监控食品供应链的安全危害和关健控制点，及时解决供应链运作过程中的具体问题提供强有力的信息保障。
(五)食品供应链自身存在的内部瓶颈制约
我国的食品供应链先天不足，长期以来一直存在着不少自身问题。如忽视市场预测或预测不准、计划调整和生产要么过剩要么不足、食品批号老化、对客户要求反应迟钝、渠道渗透及产品铺货率低、产品推广不理想、安全责任难以划分、横向协调较难、配送作业主动性差等，可以说都属于供应链运作的问题或与供应链密切相关。从供应链集成整合的角度看，这些问题不是孤立的点，而是相互联系的链，是供应链策略及流程运作系统的问题。如物流成本高和物流服务水平低等问题久拖不决，原因就在于食品供应网络布局、需求预测、库存控制和分销政策等方面存在问题。应该说这些问题的出现不是孤立的，而是相互关联的，供应网络的不合理布局必然产生订货提前期延长、长距离不合理运输、中转配送量增加等弊端，并引发计划和预测的提前期延长，进而使预测的准确性、计划的灵活性下降。此外，订货提前期延长还意味着要应付更大的市场需求变动，使得其中的所有后勤环节都变得复杂和不可控，导致客户服务价值大为降低。
