对于运费的收取有来自两方面的风险，一方面是从货物装船到运至目的港卸货全过程中的自然风险、政治风险、人的疏忽过失所致风险等，只要从事海上运输就必须面临这些风险。另一方面就是按照运输合同履行合同之后，由于债务人没有尝付能力或债务人故意欺诈或其它种种原因未能收取运费的风险。
第一方面风险，承运人在订立海上货物运输合同时就应当订立对己有利的条款，把海上风险转由货方承担。现今预付运费的预付时间就有许多种表达方式，如“提单签发之时”、“货物装船之时”、“船舶开航之时”或在这样的事情发生后指明的一段时间支付。在指定的时间一到，运费就应支付给船方，即使没有，如果货物在运输途中灭失，再也不能到达目的港，拖欠运费的债务人仍有义务支付运费给债权人，故在以上几种方式中，“船舶开航之时”支付条款下，承运人承担的风险就要比前面几种情况大。在“提单签发之时”或“船舶开航之时”后指定的一段时间内支付，承运人承担的风险就要比“提单签发之时”、“船舶开航之时”大。对于“提单签发后”、“船舶开航后”指定一段时间支付的情况，应尽量把赚取运费的时间订在提单签发之时或船舶开航之时，因为我们可以看到，有许多港口航道往往水深、宽度有限或有危险物、障碍物，如上海港、安特卫普港、鹿特丹港、汉堡港等，它们的进港航道情况都十分复杂，而且交汇船舶也多，此时的风险很难说就比海上的风险小。
如果单纯从第一方面来看，预付运费条件下船方的风险较小，故若对航次租船人资信情况有所了解，可尽可能采用预付运费的方式或者采取预付一部分、到付一部分的方式，以减少自己收取运费的风险。如果是运费到付或部分预付、部分到付，由于船方承担着可否收到运费的风险，因此船方可以通过保险，交付一定的保费，以保证收取运费的权利，尤其是在具体航次承担较大风险时，船方更应投保。
对于第二方面的风险，船公司可以采取以下防范性保护措施：
1、重视对托运人或租船人的资信调查。调查应包括公司资本情况、盈亏情况、公司创业资历及开户银行的地址、电话和帐号。对于资信较好的托运人或承租人可以予以信任，对运费支付的条件可以放松一点，以求和客户保持长期、稳定、良好的合作关系。而对于公司规模较小、偿付能力较低、资信不良的公司则应把好关，采取其它对策。
2、运费支付时间尽量约定在预付运费提单签发之前或之时，因在此情况下，托运人或航次承租人交付足够运费之前，承运人没有任何义务签发运费已付提单。当前国际贸易中一般都采用CIF或CFR价格条件，信用证一般也都要求是运费已付提单。托运人或承租人所持单证与信用证规定的单证不一致时议付行有权拒付，由此迫使其及时交付运费以结汇。
3、在信用证交易情况下，要求托运人或承租人开具以原交易的信用证议付行为开证行、承运人为受益
保护措施人的信用证，或提供议付行出具的保证其向承运人支付运费的保函。由于托运人或承租人是前一信用证的受益人，他可以以前一信用证作担保，开具以议付行为开证行、船方为受益人的信用证，银行承担第一性的付款义务，把商业信用转为银行信用，或者提供议付行出具的保函。因为托运人或承租人有信用证作担保，他也不需再交开证押金，要求议付行开信用证是可行的，并不会带来太多麻烦，仅仅需要支付一些手续费而已。同样，对于要求议付行出保函也易取得议付行的同意。
4、船方应将租船中的责任终止及留置条款明确地并入提单中。虽然多数国家都认可并入条款的效力，但为了保护善意的提单持有人，对并入条款都进行严格解释，限制所并入提单的租约条款。而且责任终止条款不能通过普通语言并入提单，要想并入必须通过明确文字，因为其不属于与提单持有人提货有关的条件
