1、加入WTO对我国农业的影响不可低估
从加入WTO一年来的实践看，开展世界贸易对我国农业和农村经济表面的影响虽然不大，但长期的实质性的影响绝不可低估。我们既要看到新的发展机遇，又要看到严峻挑战。机遇主要体现在增强我国农民和农业的质量、竞争、安全、保护意识，挑战主要表现在我国某些农产品确实面临国际市场的冲击。由冲击带来我国某些农业产品“卖难”的问题会进一步加重，从而引起价格下跌市场波动，而农业宏观调控手段和农户利益保护措施难以及时到位；以新技术、新品种为主的农业生产资料市场的竞争会进一步加剧，而独立拥有的农业知识产权保护力度又不够；因农业产品市场发育不完善、流通渠道不畅引发的矛盾会进一步加深，由此直接影响一些地区农民收入的增加和生产的积极性，在一定程度上影响我国农产品市场的供求平衡。
2、重生产轻流通的现象依然存在
我国多数农户的生产经营是单户经营的形式，这种单户“物流”很难达到经济规模，与国外相比，竞争力很弱。目前，我国农业生产资料，如种子、农药、化肥与农用设备的采购，以及农产品的销售多为分散方式。这种分散采购和销售的方式具有自发的盲目性，很容易导致设施利用率低，生产要素的供应时间长而不稳定，物流成本过高。物流成本是除了种子、农药、化肥等结构成本以外的支付项目，属于农业总成本的范畴。据调查，我国物流成本一般占总成本的30%—40%，而鲜活产品则占60%左右，甚至更多。而世界发达国家物流成本一般控制在10%左右，其中：农业发达的美国、日本、加拿大以及欧盟国家有些农产品的到岸价远低于我国农产品的产价。一些农产品在储、运、加工和销售等环节中的成本过高是我国农产品在国际市场竞争力弱的主要原因之一，我国农产品及农业生产资料的大流通、大市场、大公司体系尚未形成。
一些农业物流和供应链不是按经济区划设计，而是按行政区划安排，甚至在地方保护主义的驱使下，人为割裂物流，使流通和供应链渠道不畅。在这种情况下，有些商人为牟取暴利，利用农民自我保护意识较差，生产和组织一些伪劣假冒产品向农村倾销，导致坑农害农的事件时有发生。
3、农产品市场机制不完善
全国统一的大市场没有形成，一些农产品的价格不能依靠市场机制形成，有的产品还在实行专营，开放度不够。多渠道经营，市场管理不到位，给流通造成一定的困难，如国有商业企业、供销合作社、乡村企业，各种经济联合体及个体商贩，在商品紧俏时多头抢购，人为抬高物价，造成虚假短缺；在商品滞销时又退避三舍，造成产品不正常的库存，甚至积压。尽管流通渠道看似很多，但是，由于宏观调控手段不强，“种田难”和“卖粮难”的现象仍可相继发生，使流通受阻。我国农业市场管理法规不健全，法制管理难以到位，在很多方面、很多问题上仍存在有法不依、无法可依、违法不究的现象。为了应付，有时制定临时性的原则性指导政策，但由于随机性较大，法律效力较差，适用期和适用范围受到限制，甚至难以执行，极易造成管理行为的短期化。各种农业物流不标准，不规范，不统一，各物流职能部门难以协调，不能形成一个具有内在联系的有法律约束力的物流大系统，从而降低了物流效益。
农产品标准化程度低，不少产品的分类、分级、分等大多凭人工感觉，误差过大；产品包装从材料到包装管理都没有统一标准，给农产品的储存、运输和加工造成一定困难。
4、物流手段相对落后
一是交通运力不足。
①一些地方的交通不发达，有些偏远的农村甚至没有公路，处在与世隔绝的状况。
②交通运输线路短少，农用专用线配备欠缺，总运力不足，农村机动力运输量约占总运输量的20%，这样的运力结构明显不能适应农业运输的需要。
③缺乏农业运输专用技术设备，技术装备落后。农业运输需要大量专门针对农产品和农用物资特性的专业运输工具，而我国农业专用运输工具却极为缺乏。农产品多为鲜活易腐货物，货运量较大，对运输设备的要求高，需要大量的专用运输工具。目前，专用运输工具极为缺乏，致使一部分易腐货物积压在产地，造成20%的货物交付前腐烂变质，高的达50%，仅此一项每年就造成损失6亿多元。集装箱运输是一种较好的运输方式，适宜于农产品运输，但我国缺乏相应的配套设备，无法大规模运用。
④从原材料采购到农产品销售整个农业物流环节中，由于管理分散，多头操作，难以适时适量满足市场需求。
二是储存条件不足。
有些农产品从采购到终端消费者需要多次储存，以调节产需和供求平衡。目前，我国农业仓储容量不足，库点分布不科学、不合理，规模小，且仓型与机械装备水平低，储存方式与运输方式不适应，统一调度管理难度大。
三是加工处理水平低。
①农产品在流通过程中大多需要进行整理、分级、分类、烘干、散热、消毒、防腐包装等处理，而我国这些方面的作业能力明显不足。以烘干为例，国家每年收购的高水分原粮，利用干燥设备仅能处理1/4，大部分原粮依靠人工晾晒，耗费大量的人工费用。
②设备陈旧，加工技术落后是造成加工处理能力不足的另一个主要原因。
③农产品加工处理能力缺乏，装备水平更为落后。由于缺乏农产品的深加工能力，农产品多以初级产品形式进入流通或终端消费，不少农产品的附加值收益流出体外，影响农业行业积累和农民收入增长，极易挫伤农业生产者、农业工作者的积极性。
5、信息化手段不能适应需要
信息是农业物流的神经系统，从产前、产中到产后的储存、运输、加工及销售，每一个环节的物流信息应作及时处理，方能应对市场变化。目前，农业信息网络不健全，农户居住分散，沟通渠道不畅，许多信息难以收集、传递，信息化体系建设明显滞后。
