跨组织的流程管理实践比理论的出现要早，戴尔和cisco公司的某些跨组织流程变革已经走在前列。
传统的企业内部供应链呈线性结构。顾客需求的多样化和个性化要求，企业的供应链需要向简洁、定制和敏捷的方向变化，供应链的敏捷化成为企业供应链管理的一个趋势。面对不同的顾客或顾客个性化需求，企业需要通过分工协作，使企业可以将主要资源集中于最擅长的核心业务，使核心业务能力更加专业化，而将非核心业务外包，与其他企业组成跨组织业务流程，目的是提高整体效率。企业之间从传统的、具有长久的良好合作关系转变为企业合作伙伴之间的动态联盟关系。企业不仅需要联合不同的合作伙伴，参与多条供应链，使企业之间的流程可以根据顾客的需求自由装配和重组；而且为了更好服务有效顾客不断变化的需求，企业内部供应链也应在需求与供给关系中，重新定位各职能部门的关系，实施以顾客为中心的拉动战略，将供应、制造、分销、零售等活动分配给多个角色，紧密协作和互动，从而使顾客成为企业的供应链的主宰。跨组织流程的形成和重组是围绕顾客的。
来自市场的竞争压力迫使企业考虑进一步降低成本和压缩供应链各环节上的延迟时间，原有的跨组织的交互方式需要改变。国外一些学者已经开始研究面向供应链整合的跨组织流程设计与改造，旨在寻求整个供应链的优化。电子商务环境使越来越多的流程跨越组织边界。共享能力资源、流程配置、流程管理、信息传递以及利益与成本分摊都是跨组织流程需要解决的问题。从跨组织流程重组的内容看，企业内部的协作关系应当具备如下基本特征：
(1)动态性
迅速建立与解除部门之间合作关系、需求—供应关系结合紧密、较低的价值流动延迟。协作流程需要分布于多个企业或多个部门，且经常发生变化。企业与商业伙伴间需要结成动态的合作关系以适应多变的市场需求，提高敏捷的市场响应能力。
(2)开放性
较低的参与或退出障碍，一些原来相互没有业务关系的部门可以参加到多部门协作的跨组织生产流程中。基于企业内部有共同需求的部门的“集群化”和对外的协同化而形成的企业内部供应链“子网”模式在企业流程优化和供应链一体化过程中成为一种有生命力的形式，它既有统一的接口(如采购部门、顾客服务等)与外部供应链保持长期稳定的联系，在企业内部这些部门又可以根据业务活动需要与采购、顾客服务等对外接口部门保持长期或临时的关系，使其聚合、解散具有相当的灵活性。
(3)柔性
跨组织的合作和解散应随着顾客的需求改变而变化，较灵活的表现形式是动态联盟。
(4)一体化
注重整套的解决方案，尤其是集成多个企业、部门的资源来满足某一特定的服务需求。
企业目前跨组织流程的使用状况涉及两类问题：跨组织流程设计和跨组织流程重构。前者针对跨组织流程的初期，旨在设计一个符合跨组织协作需求，并兼顾未来发展趋势的多方协作流程规划。后者针对组织环境变更，如整体运营模式改变、新技术出现、来自外部联盟的竞争威胁或者目前系统难以保证成员间的互操作能力，因而需要彻底改变现有流程。后一个问题更加复杂，如需要考虑最大限度保护已有投资、规避技术风险、妥善处理组织间利益和成本分摊等问题，因而带来了改造的复杂性。通过整合跨组织的流程整合，除了极个别情况恰好出现组织间的系统完好匹配外，一般需要重构。
目前，各企业的生产、物流、交易方式、顾客服务流程差异较大，跨组织流程重构存在技术和流程组织的障碍。跨组织流程的复杂性在于，组织间流程跨越多个部门、多个企业，涉及多种流程；企业内部集成技术包括了多家供应商，基础设施包括数据格式、通信网络不一致；对于服务流程还会涉及许多顾客的不同需求。现有的应用技术和企业关系组成了一张复杂的网络，改变这一网络，困难较大。跨组织流程的重组是针对顾客需求的动态变化的，这是一个持续的过程，需要跨组织流程中各合作伙伴的支持才能达到多赢的目的。
跨组织流程也是“一把手工程”，需要各协作企业领导的重视，同时企业的信息系统也要能支持企业的无缝衔接，当然这需要互操作的集成平台和相关标准。企业与企业之间的信息系统需要数据交换的标准。因涉及众多的组织，跨企业流秆重组的难度要比企业内的流程大得多，这是一个按需投入、逐步升级、多角色共同开发的渐进过程。
跨组织流程的管理，要求采用共享数据库、EDI等信息技术，将企业之间的经营活动连接起来。由许多独立的、在地理位置上分布的企业或实体组成的多变联盟之间的开放商务，需要一个分布式的、异构的，以及能快速适应联盟变化的集成软件系统来支撑。许多企业应用工作流管理系统支持流程的自动化，以工作流技术提供建模、保证较好的结构化和流程管理的标准化。另外，在虚拟组织中，工作流管理系统需要提供跨边界、可处理异类信息系统的互联，既保证合作者的自治，又在企业之间形成动态的合作关系与解除机制。从角色的视角看，跨组织工作流支持环境能够促进合作者之间的互补是很重要的，传统的做法往往是部分的。连接起来的工作流系统可以使委托者启动另一个代理自己的服务者内部的流程，并且接收此外包服务的结果。因此需要提供精细化，经过提炼的高层流程监控能力，同时又能维持各组织内部的自治特征。
