供应链风险控制阶段就是监视供应链的运行，实施风险规划阶段制定的风险规避策略。供应链风险控制包括事前控制，事中控制和事后控制。
(l)事前控制也叫主动控制，前馈控制。具体做法是根据风险分析的结果和风险规划，事先采取措施防止发生风险事件，并准备风险应对手段。可以用供应链潜在失效模式进行事前预警和预防风险。供应链潜在失效模式通过分析供应链管理过程，找出潜在的过程失效模式，评估其影响，确定导致这种潜在失效模式的原因及因子，对风险较大的失效模式制定预防措施，以防止缺陷的产生，这是一种主动、积极的降低失效风险、支持供应链管理的预防方法。在应用供应链失效模式时，首先要对供应链管理的重要特性项目过程列出每个潜在的失效模式;继而确认失效对供应链或后续工作产生的影响。在分析出导致潜在失效的原因后对失效进行评价，应用标准等级来考察失效影响的严重程度、发生频率和发现的难易程度，进行风险评价。对风险较大的失效模式优先制定预防措施，同时要估计预防措施的效果，保证预防措施得到实施。对供应链风险进行事前控制向来就是各种目标控制中提倡的控制方式，其收效不仅表现在风险控制一个方面，而且惠及供应链本身。
(2)事中控制也叫被动控制、保护性控制，是指密切监视供应链系统的运行，供应链风险事件发生后及时通知可能受到影响的各个方面，立即采取措施，努力减轻风险造成的影响，事中控制采取的措施称为应急措施。
(3)事后控制指的是风险过后的善后工作，采取的措施称为改进措施。首先根据合同约定、法律规定和企业内部的管理规章制度，向有关责任方或责任人追究责任，其次通过风险事件发现供应链配置有问题和供应链管理存在薄弱的地方，并针对这些问题改进供应链。关于供应链风险控制措施可以采用工程风险管理的方法，采用相关的组织行政措施、技术措施、经济措施、合同法律措施等对供应链风险进行控制。
