进口物资减免税的审批由受赠单位或项目执行单位向其所在地直属海关申请办理，经所在地直属海关审批。受赠单位或项目执行单位多个且跨省的，由主管部委向海关总署申请办理。经海关总署审批后，通知有关直属海关和进口地海关执行。
进口物资减免税的办理程序强调：受赠单位或项目执行单位应于首批物资进口前提交赠送函或含有减免税条款的协议、协定、国际条约的复印件备案。外国地方政府或民间组织受外国政府委托无偿赠送进口物资，受赠单位或项目执行单位应提交外国政府的委托书，或外国驻我国大使馆的证明函;国际组织成员受国际组织委托无偿赠送进口的物资，受赠单位或项目执行单位应提交国际组织的委托书，或国际组织驻中国代表处的证明函;另外还应同时提交《外国政府、国际组织无偿赠送及我国履行国际条约进口物资证明》和进口物资清单，经审核无误后出具《进口货物征免证明》，进口地海关凭以减免税验放。
减免税进口物资属海关监管货物，未经批准不得擅自转让、出售或移作他用，违者将按海关法及有关规定处罚。
