一、磋商
DSU规定，争议各方首先要通过磋商解决争议。当一成员认为另一成员违反或不符合马拉喀什协议（WTO规则），从而使自己遭受损害时，可要求对方进行磋商，同时应通知DSB和有关理事会或委员会。被要求磋商的成员应在接到磋商请求之日后的10天内作出答复，并应在接到请求之日后不超过30天的时间进行磋商。磋商应在被要求方接到磋商请求之日后60天内完成。DSU规定60天的期限是希望争端各方在此期限内能够通过外交磋商的友好方式解决争端。如果该成员方在接到请求之日后10内没有答复，或在接到请求之日后30天内没有进行磋商，或在接到磋商请求35天后双方均认为达不成磋商一致，或者在接到磋商请求之日后60天内未达成磋商一致，投诉方可以向DSU提出申请成立专家组。争议各方也可不通过磋商，直接要求成立专家小组。一方提出磋商要求时，应说明对方违反了WTO哪一个协议的哪一个条款，提出法律根据。若某一第三方认为正在进行的磋商与自己的贸易利益有关，也可以以第三方的身份参加磋商。但第三方须在得到磋商通知之日后10天内通知磋商当事各方参加磋商的请求。若磋商各方认为该问题与第三方没有贸易利益关系，也可以拒绝第三方参加磋商。
二、专家组
1、成立专家小组
专家小组的成立申请在被提出后，最迟应在该申请被首次列入DSB议程后的会议上设立。既DSB在接到成立专家小组申请后的第一次会议上只决定是否需要成立专家组。如决定成立，则列入DSB的既定日程（Built-in Agenda）。专家组在DSB第二次召开会议时成立，确定专家组的人员组成、工作范围等。第二次会议应在提出请求后15天内举行，这意味着给通过外交途径解决争端一个最后的机会。专家小组一般由3人组成。小组成员由争议双方共同选择，如有不同意见，由总理事选定。专家小组的工作方式和职责范围一方面根据双方的要求确定，另一方面根据WTO规则确定，各协议对此有不同的规定和做法。专家小组可确定自己的工作时间表。
关于是否请专家审议小组（Expert Review Groups）进行技术审议，完全由专家小组自行决定，但争议双方可以提出进行技术审议的要求。根据DSU第13条的规定，专家小组还可以使用非政府组织的信息来源。争端解决机制是解决各成员政府间争端的机制，原则上只有政府的代表才有权参加该机制，DSU第13条的规定实际为非政府组织进入WTO开了方便之门，提供了参与WTO的机会。例如：WTO的总秘书处经常收到非政府组织发表的公报，然后送给有关各方。有关各方收到后通知秘书处，哪些同意，哪些不同意，专家小组确定哪些可以接受，哪些不能接受。
2、专家小组的工作程序
专家小组提出裁决报告的期限一般是6个月，可以延长但无论如何不能超过9个月。一般情况下，在争议各方提交书面材料后，专家小组紧跟着有2次口头听证会（实质性会议），此后专家小组开始实质的工作，由秘书处提供协助。专家小组首先拿出报告的大纲散发给争议各方。这仅是一个描述性报告，对事实和双方的观点进行阐述，若双方认为其与事实有出入，可以向秘书处澄清；此后，专家小组公布临时报告（中期报告）。争议各方可以进一步提出自己的观点和论据。争议各方和专家小组的交流必须通过书面的方式，由秘书处传达。各方的书面意见作为副本，附在报告之后。专家小组形成的最终报告应以三种工作语言（英、法、西）散发给各成员方，20天后，才可在DSB会议上审议通过。在向各成员分发专家小组报告的60天内，该报告在DSB的会议上应予通过。该60天的期限可以延长，但无论如何不能超过90天。通过方式采取"反向一致"的原则。
三、上诉
如果某一当事方向DSB正式通知其将进行上诉，则争端解决进入上诉程序。上诉的范围仅限于专家小组报告所涉及的法律问题及由该专家小组所作的法律解释。上诉机构有60天的时间处理上诉事宜，并通过报告。该期限可以延长但无论如何不得超过90天。上诉机构的报告应在发出后30天内经DSB通过，除非经协商一致不通过。
四、执行
解决争端机构通过专家小组或上诉机构的报告后，当事各方应予执行。在报告通过后30天内，当事方应通知DSB其履行DSB建议或裁决的意愿和改正的具体措施及期限。若不能立即执行，也可以要求在一段"合理期限"内执行。如果DSB及争端各方对合理期限都未能达成协议，则可通过仲裁确定。合理期限一般为90天，实际操作中最长可给予15个月。如果在合理期限内，被诉方不能改正其违法做法，申诉方应在此合理期限届满前与被诉方开始谈判，以求得双方都能接受的补偿办法。若合理期限到期后20天内，争议各方就补偿问题达不成一致。申诉方可请求DSB授权其对被诉方进行报复或交叉报复。
五、报复
DSU制定了报复和交叉报复的程序。如果被诉方没有在"合理期限内执行裁决，或争端各方没有就补偿问题达成协议，投诉方可向DSB申请批准其对被诉方中止依照所适用协议应承担的减让或其他义务，取消给予MFN待遇，开始实施报复。DSB应在合理期限届满后30天内，批准授权，除非DSB一致同意拒绝该项请求。若被诉方对申诉方的中止减让水平（报复措施）表示反对，或认为投诉方在要求报复中未遵守有关原则和程序，则可以提请仲裁。仲裁应在合理宽限期结束前60天内完成。仲裁裁决是终局的。
争端解决机制规定报复的行业或部门必须是自有争议和遭受损害的同一部门进行；报复应限于相当于利益丧失或损害的程度。如果受损害一方认为仅报复一个行业或部门无效或不能达到平衡，则可在其他的部门进行交叉报复。比如，在有关香蕉贸易的争议中，若只提高香蕉的关税还不足以弥补被投诉方遭受的损害，投诉方可以提高其他水果、蔬菜的关税，也可提高机械设备产品的关税。法国生产奶酪的生产者遭到美国在激素方面的报复就是典型的实际子。DSU还规定，在情况非常严重的时候，报复可以针对WTO的另外一个协议，实施跨协议报复。比如，投诉国在补贴问题上受到损害，可以在知识产权领域进行报复。交叉报复是有效率的处罚，但只能作为临时性的处罚措施，因为该机制的宗旨是解决争端，迫使被诉方改正其不合法的做法，而不是为了处罚哪个国家。在1995年后处理的诸多争端中，很少导致报复和交叉报复的实施，第一次交叉报复是厄瓜多尔使用的。
