根据规定，进口减免税货物和保税货物收发货人或其agent人，是海关监管手续费的纳费人。纳费人应当自海关签发监管手续费缴纳证次日起7天内向海关缴纳手续费。逾期不缴的，海关除依法追缴外，还要自到期之日起至缴清手续费之日止，按日征收手续费总额的1‰的滞纳金。滞纳金的起征点为人民币50元，50元以下的免予征收。
海关监管手续费应在货物进口时由口岸海关征收，特殊情况可由主管海关在审批减免税货物时征收。海关征收手续费后，对纳费人发给手续缴纳凭证。
海关监管手续费计算举例：
国内某公司为装配出口机电产品而进口一批料件，CIF上海180 000人民币元，进口后保税储存100天后未经加工即转运复出口，问海关应征海关监管手续费多少？
解：海关规定进口后保税储存90天以上（含90天）未经加工即转运复出口的货物，按关税完税价格的1‰计征海关监管手续费。
监管手续费金额=货物CIF价格×手续费率
该批货物应征海关监管手续费=180 000元×1‰=180元。
