软性隐形眼镜的消毒方法，从最早期的化学消毒方法，也就是清洁、消毒、保养一瓶OK的全效保养液。为了避免过敏对眼睛的影响，上市的产品大都以不会引起过敏且不含有机汞的药水为主。
除此之外也曾经有人在清洗镜片后，再将镜片放在可加热的消毒器以适当的高温达到消毒的目的，这种加热消毒法也会因某些镜片材质的不匹配而产生镜片变形、变黄的情况，以及携带较不方便，造成使用这种方法的人较不普遍。
有些人利用双氧消毒方式，这是另一种避免药水过敏的方式。这种方式是在镜片清洗完后，再将镜片放在含有双氧水的小容器瓶内消毒。厂商也使用了不同的方式，诸如：白金环、酵素、生理食盐水或其他化学物质如：丙酮酸钠、亚硫酸钠、硫代硫酸钠等来达到中和双氧水的目的。如果镜片经双氧水消毒后，未能完全充分中和就戴上眼睛，轻则感觉刺激、重则灼伤眼睛。
硬性隐形眼镜的消毒方法，至目前为止仍以最传统的化学消毒法行之。也就是利用清洁液搓洗镜片后，再用自来水或生理食盐水将镜片冲净，然后再将镜片浸泡在保存液内。许多早期硬性隐形眼镜使用者，都没将镜片浸泡，而是干式保存，然而无论是旧式无透氧或新式透氧的镜片都应该将镜片保存于保存液中，以确保镜片确实被润湿保存以便戴上镜片时能够感觉舒适，且能达到镜片消毒的目的。
